Von 1972 bis zu seiner Pensionierung 2003 war Paul Jenkins Archivar der Basler Mission, ab 1989 lehrte er afrikanische Geschichte am Historischen Seminar der Universität Basel. Dabei war er eine der zentralen Figuren für die Entwicklung der Afrikastudien in Basel, insbesondere der afrikanischen Geschichte.

Seine wissenschaftlichen Publikationen beschäftigen sich hauptsächlich mit der Geschichte der Basler Mission, der Geschichte Ghanas, der Geschichte des Christentums in Afrika und Asien sowie mit der Nutzung von Fotografien als historische Quellen.

Vor seiner Zeit in Basel lehrte er für fast zehn Jahre an der Universität von Ghana. 2006 verlieh im die Theologische Fakultät der Universität Basel einen Ehrendoktortitel. Seit seiner Pensionierung führt Paul Jenkins seine wissenschaftliche Arbeit fort und engagiert sich weiterhin für die Verbesserung des Zugangs zu den Beständen des Archivs der Basler Mission. Zudem hat er sein Tätigkeitsfeld ausgeweitet und ermutigt indische Historiker, die Basler Mission in Ihre Forschung einzubeziehen und das Missionsarchiv zu nutzen.

• Gilbert, Michelle, Paul Jenkins, Michelle Gilbert, and Paul Jenkins, eds. 2024. The Reports of Theophilus Opoku: A 19th-Century Gold Coast Pastor. Fontes Historiae Africanae. Oxford, New York: Oxford University Press.
• "Württemberg als Hauptsäule der historischen Basler Mission - transregionale Erwägungen über Entwicklungen bis 1914", pp. 19-54 in Blätter für württembergische Kirchengeschichte 116. Jahrgang, 2016.
• "Signs of an African Emancipation?  Slavery and its Resolution in the Reports (1868-1900) of a Ghanaian Pastor - Kofi Theophilus Opoku", pp. 126-155 in (ed.) Rebecca Shumway & Trevor Getz Slavery and its Legacy in Ghana and the Diaspora, Bloomsbury, London & New York, 2017.